هنگامی که سیستم ایمنی به درستی عمل نمی‌کند، برای بدن عوارض ایجاد می‌شود. برخی از مسائل، مانند آلرژی به گرده، کمتر فراگیر هستند، در حالی که برخی دیگر گسترده هستند، مانند اختلالات ژنتیکی که وجود یا عملکرد کل مجموعه‌ای از سلول‌های ایمنی را از بین می‌برد.
کمبودهای ایمنی
نقص ایمنی ممکن است موقت یا دائمی باشد. کمبود موقت سیستم ایمنی می‌تواند ناشی از منابع مختلفی باشد که باعث تضعیف سیستم ایمنی می‌شود. عفونت‌های رایج، از جمله آنفولانزا و مونونوکلئوز، می‌توانند سیستم ایمنی را سرکوب کنند.
هنگامی که سلول‌های ایمنی هدف عفونت هستند، سرکوب شدید سیستم ایمنی ممکن است رخ دهد. به عنوان مثال، HIV به طور خاص سلول‌های T را آلوده می‌کند و از بین بردن آنها امکان عفونت ثانویه توسط سایر پاتوژن‌ها را فراهم می‌کند. بیمارانی که شیمی‌درمانی، پیوند مغز استخوان یا داروهای سرکوب‌کننده سیستم ایمنی دریافت می‌کنند، سیستم ایمنی ضعیفی را تجربه می‌کنند تا زمانی که سطح سلول‌های ایمنی بازیابی شود. بارداری همچنین سیستم ایمنی مادر را سرکوب می‌کند و حساسیت به عفونت‌های میکروب‌های رایج را افزایش می‌دهد.
بیماری‌های نقص ایمنی اولیه (PIDDs) اختلالات ژنتیکی ارثی هستند و تمایل به ایجاد حساسیت مزمن به عفونت دارند. بیش از 150 PIDD وجود دارد و تقریباً همه آنها نادر در نظر گرفته می‌شوند (که کمتر از 200000 نفر را در ایالات متحده تحت تأثیر قرار می‌دهند). آنها ممکن است ناشی از تغییر مولکول‌های سیگنالینگ ایمنی یا عدم وجود کامل سلول‌های ایمنی بالغ باشند. به عنوان مثال، نقص ایمنی ترکیبی شدید مرتبط با X (SCID) به دلیل جهش در یک ژن گیرنده سیگنال‌دهنده ایجاد می‌شود که سلول‌های ایمنی را نسبت به چندین سیتوکین غیر حساس می‌کند. بدون سیگنال‌های رشد و فعال‌سازی ارسال شده توسط سیتوکین‌ها، زیرمجموعه‌های سلول‌های ایمنی، به‌ویژه سلول‌های T و سلول‌های کشنده طبیعی، به‌طور طبیعی رشد نمی‌کنند. کلینیک نقص ایمنی اولیه NIAID با هدف پذیرش همه بیماران PIDD برای معاینه ایجاد شد تا تشخیص بیماری و توصیه های درمانی بهتر ارائه شود.
آلرژی
آلرژی نوعی واکنش حساسیت مفرط است که معمولاً در پاسخ به آلرژن‌های محیطی بی‌ضرر مانند گرده یا غذا است. واکنش‌های حساسیت مفرط به چهار دسته تقسیم می‌شوند. کلاس I، II و III توسط آنتی بادی‌ها، IgE یا IgG ایجاد می‌شوند که توسط سلول‌های B در پاسخ به یک آلرژن تولید می‌شوند. تولید بیش از حد این آنتی بادی‌ها سلول‌های ایمنی مانند بازوفیل‌ها و ماست‌سل‌ها را فعال می‌کند که با آزاد کردن مواد شیمیایی التهابی مانند هیستامین پاسخ می‌دهند واکنش‌های کلاس IV توسط سلول‌های T ایجاد می‌شوند که ممکن است مستقیماً به خود آسیب وارد کنند یا ماکروفاژها و ائوزینوفیل‌هایی را فعال کنند که به سلول‌های میزبان آسیب می‌رسانند.
بیماری‌های خود ایمنی
بیماری‌های خودایمنی زمانی رخ می‌دهد که خودتحمل شکسته شود. زمانی که سلول‌های ایمنی تطبیقی که سلول‌های میزبان را تشخیص می‌دهند، بدون کنترل باقی بمانند، تحمل شکسته می‌شود. سلول‌های B ممکن است آنتی‌بادی‌هایی تولید کنند که سلول‌های میزبان را هدف قرار می‌دهند و سلول‌های T فعال ممکن است خود آنتی‌ژن را تشخیص دهند. این زمانی که آنها سلول‌های ایمنی دیگر را جذب و فعال می کنند تقویت می‌شود.
خودایمنی یا مختص اندام یا سیستمیک است، به این معنی که کل بدن را تحت تاثیر قرار می‌دهد. به عنوان مثال، دیابت نوع I یک اندام خاص است و به دلیل تشخیص اشتباه سلول‌های ایمنی سلول های β پانکراس تولیدکننده انسولین به عنوان خارجی ایجاد می‌شود. با این حال، لوپوس اریتماتوز سیستمیک، که معمولاً لوپوس نامیده می‌شود، می‌تواند از آنتی‌بادی‌هایی ایجاد شود که آنتی‌ژن‌های بیان شده توسط تقریباً همه سلول‌های سالم را تشخیص می‌دهند. بیماری‌های خودایمنی دارای یک جزء ژنتیکی قوی هستند و با پیشرفت‌هایی که در ابزارهای توالی‌یابی ژن به وجود آمده است، محققان درک بهتری از آنچه ممکن است در ایجاد بیماری‌های خاص نقش داشته باشند، دارند.
سپسیس
سپسیس ممکن است به عفونت جریان خون اشاره داشته باشد، یا می‌تواند به یک حالت التهابی سیستمیک ناشی از آزادسازی گسترده و کنترل نشده سیتوکین‌ها اشاره کند که به سرعت سلول‌های ایمنی را در سراسر بدن فعال می‌کنند. سپسیس یک بیماری بسیار جدی است و معمولاً توسط عفونت ایجاد می‌شود. با این حال، آسیب به خودی خود توسط سیتوکین‌ها ایجاد می‌شود (واکنش نامطلوب گاهی اوقات به عنوان “طوفان سیتوکین” نامیده می‌شود). آزادسازی سیستمیک سیتوکین‌ها ممکن است منجر به کاهش فشار خون و در نتیجه شوک سپتیک و نارسایی احتمالی چند اندام شود.
سرطان
برخی از انواع سرطان به طور مستقیم توسط رشد کنترل نشده سلول‌های ایمنی ایجاد می‌شوند. لوسمی سرطانی است که توسط گلبول‌های سفید ایجاد می‌شود که اصطلاح دیگری برای سلول‌های ایمنی است. لنفوم سرطانی است که توسط لنفوسیت‌ها ایجاد می‌شود، که اصطلاح دیگری برای سلول های B یا T سازگار است. میلوما سرطانی است که توسط سلول‌های پلاسما که سلول‌های B بالغ هستند ایجاد می‌شود. رشد نامحدود هر یک از این انواع سلول باعث سرطان می‌شود.
علاوه بر این، یک مفهوم نوظهور این است که پیشرفت سرطان ممکن است تا حدی ناشی از توانایی سلول‌های سرطانی برای جلوگیری از تشخیص ایمنی باشد. سیستم ایمنی قادر به حذف پاتوژن های عفونی و سلول‌های میزبان خطرناک مانند تومورها است. محققان سرطان در حال مطالعه این هستند که چگونه ریزمحیط تومور ممکن است به سلول‌های سرطانی اجازه فرار از سلول‌های ایمنی را بدهد. فرار سیستم ایمنی ممکن است ناشی از فراوانی سلول‌های ایمنی سرکوب‌کننده، تنظیم‌کننده، سیتوکین‌های مهارکننده بیش از حد و سایر ویژگی‌هایی باشد که به خوبی شناخته نشده‌اند.
